تحتفظ شركة مركز مقاصة الأوراق المالية بنظام متكامل وشامل لإدارة المخاطر، وتتأكد من ان إطار إدارة المخاطر الخاص بها يحدد ويقيس ويرصد ويدير المخاطر التي تتحملها من أعضاء مقاصة بالإضافة الى المؤسسات الرئيسية الأخرى.

يعد مستوى تقبل كلا من المخاطر المالية، مخاطر السيولة، مخاطر العمليات، مخاطر السوق ومخاطر تركيز الائتمان في مقاصة منخفض. هذا المستوى من تقبل المخاطر يساعد في إعداد القيم المحافظة عند اتخاذ قرار بشأن التدابير الرئيسية مثل تغطية صندوق التعثر أو مدة الاستثمار.

تم تطوير سياسات ولوائح وأنظمة وضوابط إدارة المخاطر في شركة مقاصة للالتزام بلائحة مراكز مقاصة الأوراق المالية الصادرة من هيئة السوق المالية بالإضافة إلى التوافق مع كلا من مبادئ البنية التحتية للسوق المالية الصادرة من لجنة المدفوعات والهياكل الأساسية للسوق والمنظمة الدولية للجان الأوراق المالية (CPMI-IOSCO)  وأفضل الممارسات الدولية.